ocamldep のオプションは以下の通りです。
-I
directory
指定されたディレクトリをソースファイルの検索パスに追加します。ソースファイル foo.ml の中に外部コンパイルユニット Bar への参照があると、カレントディレクトリか -I で指定されたディレクトリに bar のソースがあれば、そのユニットのインターフェイス bar.cmi への依存関係が生成されますが、ない場合は Bar は標準ライブラリのモジュールであると判断して依存関係は生成されません。複数のディレクトリにまたがるプログラムに対しては、コンパイラに渡す -I オプションを ocamldep にも渡すことを推奨します。
-native
純粋なネイティブコードプログラム (バイトコードでない) 用の依存関係を生成します。実装ファイル (.ml) がインターフェイスファイル (.mli) を持たない場合、ocamldep はインターフェイスの変更を反映するためコンパイル済みバイトコードファイル (.cmo) への依存関係を生成します。しかしこのせいで、ネイティブコードだけをコンパイルすればいいのに不必要にバイトコードも再コンパイルしてしまうことがあります。この -native フラグを使えば、.cmo の代わりにコンパイル済みネイティブコード .cmx への依存関係を生成することができます (すべてのソースファイルがインターフェイスファイル .mli を持っていればこのフラグは何もしません) 。
-version
バージョンを出力して終了します。